{"id":2651,"date":"2022-09-01T11:21:25","date_gmt":"2022-09-01T09:21:25","guid":{"rendered":"https:\/\/kbnl.ch\/?p=2651"},"modified":"2022-09-01T11:21:25","modified_gmt":"2022-09-01T09:21:25","slug":"mit-umwelt-dna-und-citizen-science-der-wasserspitzmaus-im-kanton-basel-landschaft-auf-der-spur","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/kbnl.ch\/fr\/2022\/09\/01\/mit-umwelt-dna-und-citizen-science-der-wasserspitzmaus-im-kanton-basel-landschaft-auf-der-spur\/","title":{"rendered":"B\u00e2le-Campagne sur les traces de la musaraigne aquatique gr\u00e2ce \u00e0 l\u2019ADNe et aux sciences citoyennes"},"content":{"rendered":"<p>CRISTINA BOSCHI, ADRIAN DIETRICH<\/p>\n<p><strong>Dans un projet pilote, le service de la protection de la nature et du paysage du canton de B\u00e2le-Campagne a utilis\u00e9 une nouvelle combinaison de m\u00e9thodes pour d\u00e9tecter la pr\u00e9sence de la musaraigne aquatique. Dans des tubes \u00e0 \u00e9chantillons, des b\u00e9n\u00e9voles ont pr\u00e9lev\u00e9 de la mati\u00e8re f\u00e9cale de petits mammif\u00e8res, dont l\u2019origine a \u00e9t\u00e9 d\u00e9termin\u00e9e \u00e0 l\u2019aide d\u2019analyses g\u00e9n\u00e9tiques, ce qui a permis de d\u00e9montrer la pr\u00e9sence de l\u2019esp\u00e8ce menac\u00e9e.<\/strong><\/p>\n<p>La r\u00e9partition de la discr\u00e8te musaraigne aquatique (<em>Neomys fodiens<\/em>) et de son esp\u00e8ce s\u0153ur la musaraigne de Miller (<em>Neomys anomalus<\/em>) est mal connue en Suisse (Graf et Fischer, 2021). Esp\u00e8ces prioritaires au niveau national, elles figurent sur la liste rouge, respectivement en tant qu\u2019esp\u00e8ce \u00abvuln\u00e9rable\u00bb et esp\u00e8ce \u00aben danger\u00bb. Consid\u00e9r\u00e9es comme de bons indicateurs environnementaux \u2013 cours d\u2019eau intacts avec rives naturelles, bonne qualit\u00e9 de l\u2019eau et sources de nourriture abondantes \u2013, ces esp\u00e8ces devraient absolument \u00eatre prises en compte lors de la valorisation et de la revitalisation des cours d\u2019eau. Malheureusement, les connaissances relatives \u00e0 leur pr\u00e9sence sur un territoire manquent souvent. Le canton de B\u00e2le-Campagne veut changer la donne. C\u2019est pourquoi il a conduit, en automne 2021, une \u00e9tude pilote fond\u00e9e sur une nouvelle combinaison de m\u00e9thodes.<\/p>\n<figure id=\"attachment_2652\" aria-describedby=\"caption-attachment-2652\" style=\"width: 650px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><a href=\"https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-large wp-image-2652\" src=\"https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein-1024x683.jpg\" alt=\"\" width=\"650\" height=\"434\" srcset=\"https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein-1024x683.jpg 1024w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein-300x200.jpg 300w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein-768x512.jpg 768w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein-1536x1024.jpg 1536w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein-24x16.jpg 24w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein-36x24.jpg 36w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein-48x32.jpg 48w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb1_klein.jpg 1773w\" sizes=\"auto, (max-width: 650px) 100vw, 650px\" \/><\/a><figcaption id=\"caption-attachment-2652\" class=\"wp-caption-text\">Il est tr\u00e8s rare de pouvoir observer la musaraigne aquatique (<em>Neomys fodiens<\/em>) (photo: Saxifraga, Rudmer Zwerver).<\/figcaption><\/figure>\n<p><strong>Excr\u00e9ments pr\u00e9lev\u00e9s dans des tubes en plastique<\/strong><br \/>\nUne m\u00e9thode d\u00e9velopp\u00e9e par Churchfield (2000) en Angleterre a \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9e pour pr\u00e9lever les \u00e9chantillons de mati\u00e8re f\u00e9cale. Des tubes en plastique d\u2019environ 20 centim\u00e8tres sont ferm\u00e9s d\u2019un c\u00f4t\u00e9 par un fin grillage et munis d\u2019un app\u00e2t, par ex. des gammares s\u00e9ch\u00e9s, ce qui en fait des cachettes int\u00e9ressantes pour les musaraignes aquatiques qui y laissent des excr\u00e9ments en cas de s\u00e9jour prolong\u00e9. Dans le cadre du projet du canton de B\u00e2le-Campagne, des b\u00e9n\u00e9voles de la r\u00e9gion, sous la supervision de biologistes, ont dispos\u00e9 ces tubes le long de cours d\u2019eau naturels. Pendant les six semaines qui ont suivi, les b\u00e9n\u00e9voles ont contr\u00f4l\u00e9 les tubes une fois par semaine, collect\u00e9 les crottes et remplac\u00e9 les app\u00e2ts. Cinq b\u00e9n\u00e9voles se sont occup\u00e9s de 120 tubes, r\u00e9partis sur sept tron\u00e7ons de cours d\u2019eau.<\/p>\n<figure id=\"attachment_2655\" aria-describedby=\"caption-attachment-2655\" style=\"width: 650px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><a href=\"https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-large wp-image-2655\" src=\"https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein-1024x684.jpg\" alt=\"\" width=\"650\" height=\"434\" srcset=\"https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein-1024x684.jpg 1024w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein-300x200.jpg 300w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein-768x513.jpg 768w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein-1536x1025.jpg 1536w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein-24x16.jpg 24w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein-36x24.jpg 36w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein-48x32.jpg 48w, https:\/\/kbnl.ch\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/Boschi_Abb2_klein.jpg 1772w\" sizes=\"auto, (max-width: 650px) 100vw, 650px\" \/><\/a><figcaption id=\"caption-attachment-2655\" class=\"wp-caption-text\">Tube \u00e0 \u00e9chantillons ferm\u00e9 d\u2019un c\u00f4t\u00e9 par un fin grillage et muni d\u2019un petit drapeau (photo: Markus Plattner).<\/figcaption><\/figure>\n<p><strong>Analyses g\u00e9n\u00e9tiques pour d\u00e9tecter la musaraigne aquatique<\/strong><br \/>\nLa mati\u00e8re f\u00e9cale ainsi collect\u00e9e a \u00e9t\u00e9 envoy\u00e9e \u00e0 l\u2019entreprise Ecogenics microsynth \u00e0 Balgach pour qu\u2019elle effectue une analyse g\u00e9n\u00e9tique bas\u00e9e sur la m\u00e9thode de l\u2019ADN environnemental (ADNe). L\u2019origine des \u00e9chantillons a \u00e9t\u00e9 d\u00e9termin\u00e9e en extrayant les r\u00e9sidus d\u2019ADN contenus dans les excr\u00e9ments et en multipliant le g\u00e8ne 16s de l\u2019ARNr. \u00c0 l\u2019aide de s\u00e9quences connues de petits mammif\u00e8res suisses et de bases de donn\u00e9es internationales de s\u00e9quences, des sp\u00e9cialistes ont pu attribuer les s\u00e9quences \u00e0 des esp\u00e8ces et contr\u00f4ler le r\u00e9sultat. L\u2019\u00e9valuation a apport\u00e9 trois preuves de la pr\u00e9sence de la musaraigne aquatique (<em>Neomys fodiens<\/em>) dans les r\u00e9serves naturelles d\u2019Eggwald-Looch et de Talweiher. De plus, trois autres esp\u00e8ces de musaraignes, deux esp\u00e8ces de murid\u00e9s et une esp\u00e8ce de campagnols ont pu \u00eatre d\u00e9tect\u00e9es.<\/p>\n<p><strong>Conclusion<\/strong><br \/>\nLe projet pilote a montr\u00e9 que la combinaison de m\u00e9thodes appliqu\u00e9e fonctionnait et que cette forme de collaboration entre non-sp\u00e9cialistes, tels que responsables de r\u00e9serve naturelle, rangers, gardes-forestiers, d\u2019une part, et scientifiques, d\u2019autre part, convenait bien pour v\u00e9rifier la pr\u00e9sence de la musaraigne aquatique sur un tron\u00e7on de cours d\u2019eau.<\/p>\n<p>Il y a quelques ann\u00e9es encore, la mani\u00e8re la plus s\u00fbre et syst\u00e9matique pour d\u00e9montrer la pr\u00e9sence de musaraignes aquatiques \u00e9tait de les capturer vivantes, ce qui s\u2019av\u00e9rait tr\u00e8s compliqu\u00e9. Ce n\u2019est qu\u2019avec les progr\u00e8s r\u00e9alis\u00e9s dans le domaine des analyses g\u00e9n\u00e9tiques, comme le s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 haut d\u00e9bit (next-generation sequencing, NGS), et les vastes travaux pr\u00e9paratoires financ\u00e9s par l\u2019OFEV (SWILD 2020) que l\u2019utilisation de telles m\u00e9thodes a \u00e9t\u00e9 possible.<\/p>\n<p>Nous esp\u00e9rons que cela acc\u00e9l\u00e9rera les recherches sur la r\u00e9partition de la musaraigne aquatique dans les diff\u00e9rents cantons et que la protection des petits mammif\u00e8res sera ainsi davantage prise en compte dans la pratique.<\/p>\n<p><strong>Responsabilit\u00e9 du projet<\/strong><br \/>\nCanton de B\u00e2le-Campagne,<br \/>\ncentre agricole d\u2019Ebenrain,<br \/>\nservice Nature et paysage<\/p>\n<p><strong>Renseignements<\/strong><br \/>\nCristina Boschi<br \/>\nCentre de coordination pour les petits mammif\u00e8res, B\u00e2le-Campagne<br \/>\nt\u00e9l.: 062 842 21 47<br \/>\ncourriel: cristina.boschi@wieselnetz.ch<\/p>\n<p>Adrian Dietrich<br \/>\nUNA &#8211; Atelier f\u00fcr Naturschutz &amp; Umweltfragen AG<br \/>\nt\u00e9l.: 031 310 83 87<br \/>\ncourriel: dietrich@unabern.ch<\/p>\n<p><strong>Bibliographie<\/strong><\/p>\n<ul style=\"list-style-type: circle;\">\n<li><em>Churchfield, S., Barber, J. et C. Quinn (2000): A new survey method for Water Shrews (Neomys fodiens) using baited tubes. Mammal Review 30: 249\u2013254.<\/em><\/li>\n<li><em>Graf, R. F. et Fischer, C. (2021): Atlas des mammif\u00e8res de Suisse et du Liechtenstein. Haupt Verlag, Berne, 478 p.<\/em><\/li>\n<li><em>SWILD (2020): Pru\u0308fung neuer Methoden zum Nachweis gefa\u0308hrdeter Kleinsa\u0308ugerarten in der Schweiz. Aufbau genetische Referenzdatenbank Kleinsa\u0308uger 2020. Rapport final V1, SWILD Zurich, sur mandat de l\u2019OFEV, Berne, 33 p.<\/em><\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>CRISTINA BOSCHI, ADRIAN DIETRICH Dans un projet pilote, le service de la protection de la nature et du paysage du canton de B\u00e2le-Campagne a utilis\u00e9 une nouvelle combinaison de m\u00e9thodes pour d\u00e9tecter la pr\u00e9sence de la musaraigne aquatique. 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